|
|
Vliv vybraných sloučenin na NMPylaci nsp9 SARS-CoV-2 katalyzované NiRAN doménou nsp12 SARS-CoV-2
Fedák, Michal ; Šilhán, Jan (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Pandemie SARS-CoV-2 (z angl. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), která propukla koncem roku 2019 má na svědomí přes 770 milionů potvrzených infekcí a téměř 7 milionů úmrtí po celém světě. I když byla pandemie do značné míry díky vakcínám a omezujícím opatřením potlačena, výzkum a vývoj nových léčiv cílený proti tomuto viru stále přetrvává. Jedním z možných cílů SARS-Cov-2 je nestrukturní protein 9 (nsp9), který je nepostradatelný pro virovou replikaci. Jen nedávno bylo zjištěno, že tento protein může kovalentně vázat nukleosid monofosfát (NMPylace), nebo různě dlouhý řetězec RNA (RNAylace). Tyto reakce katalyzuje nidovirová s RNA-dependentní RNA polymerasou (RdRp) asociovaná nukleotidyltransferasová (NiRAN) doména nestrukturního proteinu 12 (nsp12). RNAylace nsp9 se ukázala být důležitým krokem při syntéze RNA čepičky. Funkce NMPylace zatím nebyla popsána, ale předpokládá se, že by tato modifikace nsp9 mohla hrát roli v primingu RNA syntézy. Několik studií se již zaobíralo otázkou inhibice NMPylace. V této diplomové práci byl připraven rekombinantní nsp9, který byl použitý v NMPylačních reakcích. Byl popsán negativní vliv DMSO na NMPylaci nsp9. Tři sloučeniny (saquinavir, darunavir a conivaptan) vybrané na základě výsledků in silico studií, neprojevili schopnost inhibovat NMPylaci...
|
|
|
Termín a způsob aplikace klasické a inhibované močoviny ve výživě kukuřice
Miloš, Lukáš
Bakalářská práce se věnovala porovnání vlivu aplikace hnojiv na výnos zrnové kukuřice. Polní pokus byl sledován v letech 2019-2022 formou maloparcelního výzkumu na Polní pokusné stanici v Žabčicích. Primárním cílem pokusu bylo porovnat způsob a termín aplikace, jako pokusná hnojiva byla zvolena klasická močovina a její plně inhibovaná varianta, tedy močovina s inhibitorem nitrifikace (IN) i ureázy (IU). Sledovány byly tyto varianty: 1. Močovina + IN + IU do depa (podzim), 2. Močovina do depa (podzim), 3. Močovina + IN + IU do depa (jaro), 4. Močovina do depa (jaro), 5. Močovina + IN + IU na široko (jaro), 6. Močovina na široko (jaro). Práce se ,ale také zaměřuje na souhrnné srovnání termínů (podzim, jaro) a způsobu aplikace (do depa, na široko) bez ohledu na zkoumané hnojivo, stejně tak byl zhodnocen průměrný výnos zrna po aplikaci zkoumaných hnojiv (močovina, močovina + IN + IU). Z průměrných čtyřletých výsledků byl zjištěn rozdíl ve výnosu zrna po aplikaci hnojiva močovina (8,38 t/ha) nehledě na termín a způsob aplikace ve srovnání s jeho inhibovanou variantou (8,03 t/ha) o 4,3 %. Aplikace zkoumaných hnojiv na podzim se projevila zvýšením průměrného výnosu zrna o 5,8 % ve srovnání s aplikací na jaře. Posledním zkoumaným faktorem byl způsob aplikace, přičemž kukuřice hnojená na široko poskytla o 10,3 % vyšší výnos v porovnání s hnojením do depa.
|
|
|
Design and evaluation of potential viral methyltransferase inhibitors
Kocek, Hugo ; Nencka, Radim (vedoucí práce) ; Grantz Šašková, Klára (oponent)
Pandemie SARS-CoV-2 potvrdila pandemický potenciál virů z čeledi Coronaviridae a potřebu pro nová antivirotika. V současné době máme v boji proti SARS-CoV-2 k dispozici vakcíny, monoklonální protilátky a nízkomolekulární inhibitory - nirmatrelvir (inhibitor proteázy), remdesivir (inhibitor polymerázy) či molnupiravir (mutagen). Remdesivir a molnupiravir byly původně připraveny jako inhibitory jiných virů, nicméně se ukázaly jako léčiva účinná proti SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 kóduje 16 nestrukturních proteinů a dva z nich - methyltransferázy (MTázy) nsp14 a nsp16 - se podílí na syntéze RNA čepičky. Ta viru umožňuje mimikovat hostitelovy mRNA, vyhnout se tak antivirovým senzorům (např. IFIT1) a úspěšně se replikovat. Vzhledem ke strukturní podobnosti nsp14 a nsp16 s MTázami SARS-CoV, lze předpokládat, že inhibitory vyvinuté vůči SARS-CoV-2 by mohly být použity v budoucnu vůči jiným koronavirům. Z výše zmíněných důvodů se tato práce zaměřuje na vývoj nových antivirotik cílících na nsp14 a nsp16 viru SARS-CoV-2. Design inhibitorů byl založen na S-adenosyl-L-homocysteinu (SAH; přirozený inhibitor MTáz), přičemž byla navržena in silico série látek s modifikovaným aminoalkylovým řetězcem. Inhibiční potenciál látek byl testován in silico molekulovým modelováním (docking a scoring) s pomocí softwaru Glide....
|
|
| |
|
|
Příprava peptidů inhibujících interakci PA-BP1 chřipkové RNA polymerasy
Palacková, Miroslava ; Machara, Aleš (vedoucí práce) ; Veselý, Jan (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá přípravou peptidů inhibujících protein-proteinovou interakci PA-PB1 podjednotek vyskytující se v chřipkové RNA polymeráze. Cílem práce bylo provést modifikace objeveného minimálního peptidu na dvou tzv. "hot spotech" - místech, které nejvíce přispívají k interakci tohoto hexapeptid s PA podjednotkou. Nejprve byl modifikován hot spot A, čímž vznikla první řada produktů a následně byl optimalizován i druhý hot spot B. Tímto postupem byly připraveny dvě série peptidů. S ohledem na skutečnost, že jeden z připravených hexapeptidů obsahoval komerčně nedostupnou aminokyselinu, musela tato aminokyselina být připravena. Dále se bakalářská práce zabývá přípravou bicyklického peptidu obsahující sekvenci inhibitoru a zároveň i peptidickou sekvenci, jenž umožňuje průchod peptidu přes buněčnou membránu. Klíčová slova: syntéza, peptidy, inhibitory, chřipka, polymerasa
|
|
|
The Role of B-cell Receptor Signaling in Lymphoid Malignancies
Kochmannová, Kateřina ; Havránek, Ondřej (vedoucí práce) ; Štěpánek, Ondřej (oponent)
Cílem této práce je shrnutí dosavadních poznatků nádorově specifické signalizace B-buněčného receptoru (BCR) a souvisejících možností léčby B-buněčných malignit. Tato signalizace je popsána zejména u non-Hodgkinských lymfomů (NHL). Patogenní signalizace z BCR je podobná signalizaci u normálních B lymfocytů, a to jak antigenem spouštěné, tak i tzv. tonické. Rozdíly mezi antigenně-závislou a antigenně nezávislou BCR signalizací jsou velmi dobře patrné zejména u podtypů difúzního velkobuněčného B lymfomu, který patří mezi nejčastěji diagnostikované NHL. Kromě klasických způsobů léčby jsou pro terapii lymfoidních malignit schválené BCR inhibitory cílené na BTK a PI3K, avšak některé s vysokým stupněm toxicity. Přesto jsou BCR inhibitory pro svůj potenciál v léčbě a vysokou specifičnost hlavním cílem současného výzkumu. Pro zlepšení výsledků léčby NHL je potřeba lepšího porozumění deregulace BCR signalizace a celkové patogeneze nádoru. Klíčová slova: B-buněčné malignity, non-Hodgkinovy lymfomy, B-buněčný receptor, nádorová signalizace, cílená léčba, inhibitory
|
|
|
Využití inhibitorů indolamin 2,3-dioxygenázy 1 v nádorové imunoterapii
Muffová, Barbora ; Poláková, Ingrid (vedoucí práce) ; Šroller, Vojtěch (oponent)
Malé množství enzymu indolamin 2,3-dioxygenázy (IDO 1) je exprimováno ve většině tkáních savčího organismu. Zvýšená produkce enzymu je detekována u mnoha nádorových onemocnění. IDO 1 se účastní prvního kroku kynureninové dráhy, kde katalyzuje přeměnu tryptofanu (Trp) na N-formylkynurenin, který je dále metabolizován na kynurenin (Kyn). V rámci studia a léčby IDO 1+ nádorů může být poměr mezi kynureninem a tryptofanem (kyn/trp) využíván jako prognostický marker, který demonstruje míru aktivity enzymu IDO 1 v nádoru. Cílem nádorové imunoterapie založené na inhibici IDO 1 je zvrátit nebo alespoň zmírnit pronádorový efekt tohoto enzymu, tedy zamezit inhibici efektorových NK a T-buněk, tvorbě regulačních T-lymfocytů nebo využití s nádorem asociovaných makrofágů (TAM). Inhibitory IDO 1 byly zkoumány v rámci monoterapie i v kombinaci s inhibitory cytotoxického s T-lymfocyty asociovaného antigenu 4 (CTLA-4) či proteinu programované buněčné smrti 1 (PD-1). V poslední době se pozornost upírá k tvorbě takových inhibitorů, které by byly schopny inhibovat nejen aktivitu IDO 1, ale zároveň aktivitu dalších tryptofan katalyzujících proteinů, indolamin 2,3-dioxygenáza 2 (IDO 2) nebo tryptofan 2,3-dioxygenázy (TDO). Nádorová imunoterapie založená na inhibici IDO 1 může být kombinována také s chemoterapií.
|
|
|
Investigation and inhibition of α-synuclein aggregation
Afitska, Kseniia ; Yushchenko, Dmytro (vedoucí práce) ; Žídek, Lukáš (oponent) ; Bařinka, Cyril (oponent)
Alfa-synuklein (AS) je malý, vnitřně neuspořádaný protein exprimovaný v neuronech a hojně přítomný v synapsích, kde se podílí na regulaci transportu proteinů zprostředkovaném synaptickými vezikuly. Chybné poskládání AS do amyloidních fibril je klíčovým procesem v progresi Parkinsonovy choroby (PD), druhé nejběžnější neurodegenerativní nemoci, která je dosud neléčitelná. Inhibice agregace AS a blokování šíření těchto fibril z buňky do buňky je slibná strategie pro léčbu PD. Racionální design těchto inhibitorů však zůstává komplikovaný vzhledem k nedostatku detailních znalostí o mechanismech agregace. Cílem této práce bylo proto získat hlubší znalosti o agregaci AS a aplikovat je na vývoj inhibitorů fibrilizace. Při studiu mechanismů agregace AS jsem nejprve zjistila, že kritická koncentrace AS pro růst fibril je o řád nižší než kritická koncentrace AS pro počáteční tvorbu fibril z monomerů. Zkoumala jsem rozpad fibril při koncentracích nižších než Kd a charakterizovala jsem agregaci AS při mikromolárních koncentracích. Poté jsem zkoumala, jak různé modifikace C-terminálu AS (zejména extenze o různé velikosti a náboji) ovlivňují růst fibril a ukázala jsem, že fúze AS s proteiny, jako je GFP, potlačují agregaci AS. Na základě těchto zjištění jsem ve spolupráci s kolegy vytvořila první racionálně...
|
|
|
Přírodní látky izolované z rostlin na Farmaceutické fakultě v Hradci Králové jako potenciální inhibitory aldo-ketoreduktasy 1A1 (AKR1A1)
Karásková, Jitka ; Novotná, Eva (vedoucí práce) ; Raisová Stuchlíková, Lucie (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Jitka Karásková Školitel: RNDr. Eva Novotná, Ph.D. Název diplomové práce: Přírodní látky izolované z rostlin na Farmaceutické fakultě v Hradci Králové jako potenciální inhibitory aldo-ketoreduktasy 1A1 (AKR1A1) Aldo-ketoreduktasa 1A1 je enzym patřící do nadrodiny aldo-ketoreduktas. Je to monomerní, cytosolický enzym, který je schopen redukovat karbonylové skupiny u širokého spektra substrátů. Enzym je v těle exprimován téměř v každé tkání, nejvíce je zastoupen v hepatocytech, renálních buňkách a slinných žlázách, kde se podílí na redukci endogenních substrátů a první fázi biotransformace xenobiotik. AKR1A1 katalyzuje NADPH-dependentní redukci aldehydů a ketonů na jejich odpovídající primární a sekundární alkoholy. Mezi substráty enzymu se řadí například mevalonát; antracyklinová antibiotika doxorubicin nebo daunorubicin; některé prokarcinogeny, které jsou reakcí aktivovány na karcinogeny, jako například trans-dihydrodioly polycyklických aromatických uhlovodíků. AKR1A1 se obecně podílí na metabolismu lipidů a sacharidů, které obsahují aldehydickou funkční skupinu. Zvýšená exprese a aktivita AKR1A1 byla zjištěna v radiorezistentních laryngeálních nádorových buňkách, lze tedy předpokládat, že případný...
|
|
| |
host ::
RSS.